بعد از تکمیل تحصیلات متوسطه وارد دانشگاه استنفورد شد و لیسانس و فوق‌لیسانس خود را در اقتصاد از آن دانشگاه گرفت و متعاقبا به دانشگاه کلرادو رفت تا همزمان با تدریس بتواند مطالب مربوط به تز دکترای خود را به اتمام برساند. تز دکترای او در زمینه اثرات درآمد نفت و نحوه استفاده از آن در اقتصاد بود. فرمانفرمائیان مدتی در دانشگاه‌های بران، پرینستون و هاروارد تدریس کرد.در سال ۱۳۳۶ به دعوت ابوالحسن ابتهاج به ایران بازگشت و در مقام سرپرستی دفتر اقتصادی سازمان برنامه مشغول به کار شد.
خداداد ابتهاج را معلم خود می‌دانست و همیشه از او به نیکی یاد می‌کرد و می‌گفت او به من و همکارانم وطن‌پرستی، اصول اخلاقی و نظام اداری و نحوه کار‌کردن را آموخت. ابتهاج به علت اختلاف با دکتر اقبال نخست‌وزیر در مورد تصویب ماده واحده در مجلس در مورد انتقال اختیارات سازمان برنامه به نخست‌وزیر مجبور شد از سازمان برنامه کناره بگیرد و فرمانفرمائیان با اصرار خسرو هدایت، مدیرعامل جدید، در سازمان باقی ماند و به سمت معاون اقتصادی منصوب شد.
در دولت دکتر علی امینی مساله انتقال بودجه از وزارت دارایی به سازمان برنامه مطرح شد. این طرح در ابتدا از حمایت دکتر امینی برخوردار بود، ولی وقتی نخست‌وزیر تصمیم خود را عوض کرد فرمانفرمائیان از سازمان برنامه استعفا داد و مدتی بیکار بود تا با انتصاب مهدی سمیعی به ریاست بانک مرکزی با مدتی تاخیر به سمت قائم‌مقام بانک مرکزی منصوب شد.در ۵ آذر ۱۳۴۷ با رفتن سمیعی به سازمان برنامه فرمانفرمائیان به ریاست بانک مرکزی و در بازگشت سمیعی به بانک مرکزی در ۲۷ خرداد ۱۳۴۹ به سمت مدیرعامل سازمان برنامه منصوب شد و تا ۱۹ دی ۱۳۵۱ در این سمت خدمت کرد. در نهایت به علت اختلاف با نخست‌وزیر در زمینه طرح برنامه عمرانی تصمیم به استعفا گرفت و از سال ۱۳۵۲ به کلی خدمات دولتی را کنار گذاشت و ریاست هیات‌مدیره بانک صنایع ایران را پذیرفت.
دکتر فرمانفرمائیان مانند ابوالحسن ابتهاج و مهدی سمیعی یک شخصیت برجسته اقتصادی ایران بود که در هر دو رشته برنامه‌ریزی و بانکداری مرکزی تبحر داشت و در بالاترین مقامات اقتصادی به کشور خدمت کرده بود. در دوران مدیریت مهدی سمیعی و او در بانک مرکزی پایه‌های اجرای سیاست پولی، حفظ موازنه ارزی، نظارت موثر بر سیستم بانکی و حفظ ارزش پول و بررسی‌های اقتصادی تحکیم یافت. همزمان اقدامات برجسته‌ای برای تقویت و تربیت نیروی انسانی، اعزام محصل به خارج و گسترش وسیع پوشش بهداشتی و درمانی و بهتر کردن شرایط کار صورت گرفت؛ به‌صورتی که بانک مرکزی به‌صورت یک موسسه نمونه چه در ایران و چه در جامعه بین‌المللی شناخته شده بود.
در آن زمان همچنین بدنه کارشناسی بانک مرکزی تقویت شد که نتیجه آن در ارتقا و بهبود گزارش‌های بانک مرکزی وقت قابل مشاهده است. تجدید نظر در قانون پولی و بانکی و ادغام و تغییر ساختار برخی ادارات بانک مرکزی از دیگر فعالیت‌هایی بود که طی دوران همکاری سمیعی و فرمانفرمائیان در بانک مرکزی صورت گرفت و حضور خداداد در آن نقش بسزایی داشت.در سازمان برنامه خداداد فرمانفرمائیان و همکاران او در دفتر اقتصادی با شناخت کامل از اصول علمی برنامه‌ریزی و تجزیه و تحلیل اقتصادی و با اعتقادی راسخ به اهمیت نقش هدایت‌کننده دولت در توسعه اقتصاد کشور تمام کوشش خود را برای برنامه‌ریزی عمرانی و تهیه یک برنامه جامع توسعه به کار گرفتند.
اولین کار مهم این دفتر تهیه یک گزارش از عملکرد برنامه دوم و ارزیابی طرح‌هایی بود که طی سال‌های ۱۳۳۴ تا ۱۳۴۱ به اجرا درآمده بودند.آنچه به‌عنوان برنامه دوم معروف بود، در عمل مجموعه‌ای از طرح‌هایی به شمار می‌رفت که بی‌ارتباط به اثرات اجتماعی و ارتباط بین بخش‌های اقتصادی تهیه شده بودند؛ در صورتی که آنچه کشور به آن نیاز داشت برنامه جامعی بود که با در نظر گرفتن داده‌ها و ستاده‌های اقتصادی، ارتباط بین کشاورزی، صنعت و سایر بخش‌ها، هزینه‌سنجی طرح‌ها، اثرات سرمایه‌گذاری، تامین منابع مالی و گسترش زیربنای اقتصادی بتواند درآمد سرانه کشور را به‌طور مداوم افزایش دهد و نقش دولت، شناخته ولی محدود باشد و توجه خاص به تشویق بخش خصوصی از طریق منابع مالی و هدایت موسسات تخصصی مانند بانک توسعه صنعتی و معدنی و بانک اعتبارات صنعتی شود.
به همین صورت بود که برنامه سوم (۱۳۴۱ تا ۱۳۴۷) و برنامه چهارم (۱۳۴۷ تا ۱۳۵۱) شکل گرفتند. دوران اجرای برنامه‌های توسعه مذکور به عقیده بسیاری از کارشناسان، زمانه طلایی اقتصاد ایران در تاریخ معاصر به شمار می‌رود که یافتن نظیری برای آن دشوار به نظر می‌رسد.این برنامه طی اجرا در مقایسه با آنچه در آغاز کار به‌صورت اجرای مستقیم طرح‌های عمرانی توسط سازمان برنامه شکل گرفته بود (که خود موجب اصطکاک مدام بین سازمان برنامه و دستگاه‌های اجرایی شد) تغییر شکل داد و دستگاه‌های اجرایی مستقیما به‌صورت مجریان طرح‌ها درآمدند و وظایف سازمان برنامه بیشتر به‌صورت تعیین معیارهای نحوه اجرا و تهیه و تنظیم بودجه و نظارت درآمد. فرمانفرمائیان بر این باور بود که تا این دستگاه‌ها خود وارد کارهای اجرایی نشوند، هیچ‌وقت قدرت اجرایی لازم را پیدا نخواهند کرد و در این جهت نحوه کار سازمان برنامه را تغییر داد.همزمان با کارهای دولتی، فرمانفرمائیان به کارهای فرهنگی خود ادامه داد و یکی از بنیان‌گذاران مدرسه بین‌المللی ایران‌زمین بود و همچنین با مدرسه مدیریت هاروارد از نزدیک همکاری داشت.
فرمانفرمائیان نقش اساسی در هدایت دانشجویان ایرانی برای تحصیل در دانشگاه‌های معتبر وقت داشت. این دانشجویان با بورسیه بانک مرکزی به بهترین دانشگاه‌های وقت می‌رفتند که بعدها بسیاری از آنها در زمره کارشناسان و مدیران شناخته‌شده اقتصاد ایران درآمدند.فرمانفرمائیان بعد از خروج از ایران و اقامت در لندن در گروه بازرگانی هندوجا مشغول به کار شد و مسوولیت هدایت و عضویت هیات مدیره تعدادی از موسسات مالی وابسته به این گروه را بر عهده داشت.
